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Los Consejos Técnicos trabajarán en diferentes temáticas: medicamentos e industria farmacéutica; tecnologías basadas en especialidades de ingeniería; alimentos, cosméticos, domisanitarios y otros productos sanitarios; gestión (procesos, comunicación y gestión). Los Consejos Técnicos recibirán como insumos los diferentes informes que se generen dentro de la Agencia de Evaluación de Tecnologías Sanitarias y la información que les llegue a través de las consultas públicas que se realicen. Con toda esa información emitirán su dictamen técnico por cada tecnología que evalúen, el que tendrá efecto vinculante para sus superiores jerárquicos de la Agencia de Evaluación de Tecnologías Sanitarias.