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La Agencia tendrá los siguientes cometidos:
A) Asesorar al Poder Ejecutivo en materia de planes, programas e instrumentos orientados al desarrollo científico-tecnológico y al despliegue y fortalecimiento de las capacidades de innovación.
B) Preparar y ejecutar planes, programas e instrumentos, en los que se privilegiarán los mecanismos concursables, de acuerdo con los lineamientos político-estratégicos y las prioridades del Poder Ejecutivo en materia de ciencia, tecnología e innovación.
C) Generar un ámbito de coordinación entre las instituciones, públicas o privadas, que desarrollen acciones dirigidas al desarrollo científico- tecnológico y de la innovación.
D) Estimular y apoyar la vinculación efectiva entre los sectores productivos y académicos a través de diversos tipos de asociaciones con participación pública y privada.
E) Apoyar las políticas públicas fomentando el desarrollo de investigaciones científico-tecnológicas que les den sustento.
F) Contribuir, de forma coordinada con otros organismos del Sistema Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación, al desarrollo de un sistema de evaluación y seguimiento de los programas que patrocine la Agencia, u otros actores, así como de evaluación de los resultados y de su adecuada difusión.
G) Promover la difusión e incorporación del conocimiento en las organizaciones, orientado a la actualización tecnológica de todos los actores.
H) Identificar y promover la demanda social y productiva vinculada con ciencia, tecnología e innovación y su articulación con las capacidades nacionales en dichos ámbitos.
I) Establecer relaciones de cooperación recíproca con instituciones públicas y privadas, nacionales o extranjeras y con organismos internacionales que permitan el óptimo aprovechamiento de recursos disponibles en beneficio del país.
J) Promover la vinculación de científicos y tecnólogos uruguayos en el exterior con el sistema científico-tecnológico nacional.