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El Ministerio de Defensa Nacional está integrado por los siguientes órganos:
A) De Gobierno y Administración.
1) Secretaría de Estado.
B) De Asesoramiento, Planificación y Ejecución Conjunta.
1)Junta de Comandantes en Jefe de la que dependen:
a)
b)
c)
d)
e)
f)
C) De Ejecución.
1) Ejército Nacional.
2) Armada Nacional.
3) Fuerza Aérea Uruguaya.
D) Dependientes directamente del Ministerio de Defensa Nacional
1. Justicia Penal Militar.
2. Tribunal Superior de Ascensos y Recursos de las Fuerzas Armadas.
3. Comisión Calificadora de los Servicios Generales Comunes a las Fuerzas Armadas.
4. Dirección General de los Servicios.
5. Servicio Nacional de Búsqueda y Salvamento.
6. Instituto Antártico Uruguayo.
7. Dirección Nacional de Pasos de Frontera.
8. Dirección Nacional de Meteorología.